以前に、 VisualStudio の HLSL テンプレートがおかしい として、修正したシェーダー用のプロジェクトテンプレートですが、 Visual Studio 2017 の更新をしたら、また妙な状況になってしまったようです。
もしかすると、先の手作業の修正が引き金で新規にインストールした場合には、おかしな構造ながらも正常に動くのかもしれません。
症状
次のように、やはり 1041 フォルダが２つ入れ子になっています。そして、 ComputeShader, DomainShader, GeometryShader とそれ以外で、場所が分かれて配置されています。
解決策
1041 の階層が重複している分を削除して、 Header から VertexShader のフォルダを、ひとつめの 1041 の下に配置することにしました。
以前の修正で 1041 重複フォルダの参照を手作業で修正していたため、このような状況に陥った可能性が高いですが、とりあえずはこれで問題は解決できました。
